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       擴增子/宏基因組測序

      擴增子測序/宏基因組測


      擴增子測序

      擴增子測序是對特定長度的PCR產物或捕獲的片段進行測序,分析序列中的變異。
      16S/18S/ITS等擴增子測序即通過提取環境樣品的DNA,選擇合適的通用引物擴增16S/18S/ITS的目的區域,通過檢測目的區域的序列變異和豐度,以研究環境微生物多樣性及群落組成差異。
      16S/18S rDNA為編碼原/真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列。ITS分為兩個區域:ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之間,ITS2位于5.8S和28S之間。

      擴增子測序的優勢:

      采用目前Illumina HiSeq最長測序平臺,可以滿足16S 1~2個高變區的測序分析。3天內同時完成3,000個16S樣本的測序,測序準確度較MiSeq平臺提高10%,而拼接效率較MiSeq平臺提高25%,以此獲得更全面的菌群信息。

      擴增子測序操作步驟:

      1、研究對象的選取;

      2、提取基因組DNA,DNA濃度需要達到5ng/ul,總量需要大于等于150ng;

      3、構建PCR-free文庫;

      4、PE250測序;

      5、信息分析  分析內容=標準分析+高級分析,基于目的區域的測序,檢測序列豐度,以充分研究環境微生物多樣性和群落差異性。

      服務周期:

      45天左右


      宏基因組測序

      宏基因組學(Metagenomics),又稱元基因組學,是由 Handelman 提出的一種直接對微生物群體中包含的全部基因組信息進行研究的手段,以特定生境中的整個微生物群落為研究對象,采用高通量測序技術,獲得環境微生物基因組信息總和,以研究環境微生物的群落結構、物種分類、系統進化、基因功能以及代謝通路等。之后 Kevin 等對 Metagenomics 進行了定義,即“繞過對微生物個體進行分離培養,應用基因組學技術對自然環境中的微生物群落進行研究”的學科。它規避了對樣品中的微生物進行分離培養,提供了對無法分離培養的微生物進行研究的途徑,避免了實驗過程中由環境改變引起的微生物序列變化所帶來的偏差。
      近年來,隨著測序技術和信息技術的快速發展,利用新一代測序技術(Next Generation Sequencing)研究 Metagenomics,能快速準確的獲得大量生物數據和豐富的微生物研究信息,從而成為研究微生物多樣性和群落特征的重要手段。如致力于研究微生物與人類疾病健康關系的人體微生物組計劃,研究全球微生物組成和分布的全球微生物組計劃都主要利用高通量測序技術進行研究。 

      產品特色

      1.微生物無需分離培養,且通過該技術可以客觀還原微生物菌群結構
      宏基因組測序技術,無PCR擴增環節,可以避免非特異性擴增問題,并且可以完整呈現微生物菌群的結構。
      2.在客觀還原菌群結構的基礎上,同時可以對群落微生物的功能進行研究
      基于16S核糖體的微生物多樣性研究方法,可以基于物種豐度進行功能豐度的預測,但是不能更進一步探究微生物的具體功能。而傳統的微生物基因組方法,也需要構建大量的克隆篩選文庫,才能獲得微生物的功能基因。
      宏基因組測序可以直接基于環境中的所有微生物的基因序列,進行微生物的基因相關功能研究。

      操作流程:

      • 樣本制備
      • 樣本DNA提取
      • DNA檢測
      • 文庫構建
      • 文庫檢測
      • 上機測序

      樣本要求

      常見環境樣本(請使用干冰運輸)

      土壤、淤泥、沉積物>=5g;糞便>=2g;組織樣本>=1g

      水體送樣為過濾后的濾膜(最適濾膜直徑3-4cm)

      DNA樣本(請使用干冰寄送)

      樣品濃度>=50ng/ul

      樣品總量>=1.6ug


      威斯騰實驗服務流程



      威斯騰生物服務項目

      分子生物學檢測蛋白質與免疫學動物實驗
      實時熒光定量PCR單克隆抗體制備帕金森疾病模型
      免疫共沉淀(Co-IP多克隆抗體制備抑郁癥動物模型
      ELISA(酶聯免疫吸附法)技術Western-blot 實驗服務脊髓損傷模型
      生化指標檢測蛋白雙向電泳實驗服務腦外損傷模型
      雙熒光素酶報告基因檢測原核蛋白表達純化骨神經損傷模型
      染色質免疫共沉淀(ChIP真核蛋白表達純化心肌缺血模型
      GST pull DownITRAQ定量蛋白質組學心力衰竭模型
      SLAC蛋白組學肺動脈高血壓動物模型
      高血壓模型
      病毒包裝實驗課題整體外包粥樣動脈硬化模型
      過表達/干擾慢病毒包裝純化整體課題外包大腦中動脈阻塞模型
      過表達/干擾腺病毒包裝純化細胞整體實驗外包慢性之氣管炎模型
      逆轉錄病毒包裝純化動物整體實驗外包過敏性哮喘模型
      腺相關病毒包裝純化肺炎大鼠模型
      肝炎-肝硬化-肝癌模型
      蛋白芯片原代細胞培養肝纖維化模型
      細胞因子芯片骨髓間充質干細胞培養膽結石模型
      BioPlex懸浮芯片脂肪干細胞培養急性胰腺炎模型
      生長因子芯片心肌成纖維細胞培養急性腎衰竭模型
      炎癥因子芯片軟骨細胞培養體內血栓模型
      血管生成因子芯片血管內皮細胞培養關節炎模型
      凋亡因子芯片神經元細胞培養I型和II型糖尿病模型
      趨化因子芯片內皮組細胞原代培養裸鼠成瘤
      HuProt TM 20K人類蛋白組芯片基因編輯動物
      電生理相關服務動物整體實驗服務
      膜片鉗實驗
      細胞生物學檢測高通量測序代謝組學
      細胞原代培養mRNA測序氣相色譜GC/MS
      MTT檢測LncRNA測序液相色譜LC/MS
      細胞凋亡檢測全基因組測序核磁共震NMR
      細胞周期檢測RNA-Seq測序
      細胞克隆形成實驗外顯子測序影像學相關實驗
      Transwell細胞遷移/侵襲16s擴增子測序Micro-CT
      流式分選Small RNA測序小動物活體成像
      CCK8/XTT檢測宏基因組測序核磁共振
      臺盼藍檢測細胞活性單細胞測序PET-CT
      藥物篩選細胞學實驗circleRNA測序
      細胞粘附性檢測甲基化測序基因編輯動物
      細胞劃痕實驗條件性敲除小鼠/大鼠
      細胞生物學整體實驗全基因敲除小鼠/大鼠
      細胞成管實驗
      病理檢測CRISPR/Cas9細胞敲除/敲入基因芯片
      掃描電鏡基因定點突變細胞系LncRNA芯片
      透射電鏡單基因敲除細胞系miRNA芯片
      HE染色多基因敲除細胞系mRNA芯片
      免疫組化目的基因敲入細胞系甲基化芯片(限人和小鼠來源樣本)
      Tunel(原位末端凋亡法)檢測報告基因敲入細胞系SNP芯片(限人和小鼠來源樣本)
      激光共聚焦miRNA/LncRNA敲除細胞系
      免疫熒光
      Masson染色CRISPR/Cas9動物敲除/敲入科研設計指導&文章評估/潤色
      原位雜交基因敲除大鼠/小鼠科研文獻論著翻譯
      熒光原位雜交基因敲入大鼠/小鼠論文翻譯潤色服務
      特殊染色(PSA、茜素紅、阿爾新藍等)臨床實驗/科研實驗設計方案指導
      行為學檢測藥物篩選服務項目藥效學評價
      曠場實驗高通量自動藥物篩選平臺抗腫瘤藥物藥效學評價
      重復性刻板行為檢測細胞高內涵藥物篩選平臺心血管系統藥物藥效學評價
      動物跑臺檢測蛋白質組學靶標研發平臺泌尿系統藥物藥效學評價
      強迫游泳分子藥理研究平臺內分泌系統藥物藥效學評價
      生物膜片鉗藥物篩選平臺抗炎免疫藥物藥效學評價
      常規藥物體外篩選


      【本平臺合作項目】
      分子生物學、細胞生物學、基因敲出/入、模式動物、SPF動物保種、病理學檢測、免疫學檢測、影像學檢測、原代培養、細胞藥篩、CRISPR/Cas9基因編輯、基因芯片、高通量測序、蛋白組學、代謝組學、高通量高內涵篩選、藥效學評價、藥理毒理學實驗、慢病毒包裝與穩轉株建立、SiRNA與納米載藥、ChIP、CO-IP、生物信息學分析、知識產權服務! 
      【全國免費熱線】400-675-6758
      【電話】 023-65316016,023-65316556
      【郵箱】 china-western@163.com
      【官網網址】www.5002688.com
      【地址】 重慶市高新區二郎創業大道高科創業園D棟2樓   

       

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