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       SWATH 定量蛋白質組學

      SWATH 定量蛋白質組學


      SWATH(Sequential Window Acquisition of all Theoretical fragment ions)是瑞士蘇黎世聯邦理工學院的 Ruedi Aebersold 博士及其團隊與 AB-SCIEX 于 2012 年聯合推出的一項全新的質譜采集模式技術。SWATH技術具有靈敏度高,重現性強,準確度高,高通量,線性動態范圍大等優點。傳統的質譜數據采集方式為數據依賴型(Data-dependent acquisition,DDA)采集方式也叫做 Shot-gun 法,在一級質譜掃描中,根據母離子的強度高低來選擇母離子進行串聯質譜的掃描,得到二級譜圖在蛋白數據庫進行搜索。這種掃描方式會丟失大量有用的譜圖,同時重復性較差。

      SWATH 采集模式是一種新型的 MS/MS 掃描技術,屬于數據非依賴型采集方式(Data-independent acquisition,DIA)。DIA按照設定的方法,將所有的母離子都進行串聯質譜掃描。SWATH 根據酶解肽段的質荷比和洗脫時間來設計采集二級譜圖的離子窗口。以掃描范圍 400~1200 為例,m/z 25 作為一個掃描間隔(SWATH),每個 SWATH 掃描時間設定為100ms,那么該掃描范圍累計需要 32個掃描窗口,完成一次掃描僅需要 3.2秒。


      SWATH流程圖如圖所示,分為以下幾個步驟:

      1)蛋白質的提取,酶解和純化。

      2)酶解后的肽段進行 shotgun檢測,用 proteinpilot進行數據庫檢索,得到蛋白定性

      3)根據 shotgun 的檢測結果,確定 SWATH 的掃描間隔等質譜參數,進行樣本的 SWATH檢測,每個樣本重復檢測3次。

      4) 用shotgun 的檢索結果建立離子譜圖庫,SWATH樣本檢測到的譜圖信息使用Peakview在離子庫中進行蛋白的匹配和定量信息的提取。

      5)將Peakview導出的蛋白結果導入到 Makerview進行數據處理,得到蛋白定量結果。


      威斯騰實驗服務流程



      威斯騰生物服務項目

      分子生物學檢測蛋白質與免疫學動物實驗
      實時熒光定量PCR單克隆抗體制備帕金森疾病模型
      免疫共沉淀(Co-IP多克隆抗體制備抑郁癥動物模型
      ELISA(酶聯免疫吸附法)技術Western-blot 實驗服務脊髓損傷模型
      生化指標檢測蛋白雙向電泳實驗服務腦外損傷模型
      雙熒光素酶報告基因檢測原核蛋白表達純化骨神經損傷模型
      染色質免疫共沉淀(ChIP真核蛋白表達純化心肌缺血模型
      GST pull DownITRAQ定量蛋白質組學心力衰竭模型
      SLAC蛋白組學肺動脈高血壓動物模型
      高血壓模型
      病毒包裝實驗課題整體外包粥樣動脈硬化模型
      過表達/干擾慢病毒包裝純化整體課題外包大腦中動脈阻塞模型
      過表達/干擾腺病毒包裝純化細胞整體實驗外包慢性之氣管炎模型
      逆轉錄病毒包裝純化動物整體實驗外包過敏性哮喘模型
      腺相關病毒包裝純化肺炎大鼠模型
      肝炎-肝硬化-肝癌模型
      蛋白芯片原代細胞培養肝纖維化模型
      細胞因子芯片骨髓間充質干細胞培養膽結石模型
      BioPlex懸浮芯片脂肪干細胞培養急性胰腺炎模型
      生長因子芯片心肌成纖維細胞培養急性腎衰竭模型
      炎癥因子芯片軟骨細胞培養體內血栓模型
      血管生成因子芯片血管內皮細胞培養關節炎模型
      凋亡因子芯片神經元細胞培養I型和II型糖尿病模型
      趨化因子芯片內皮組細胞原代培養裸鼠成瘤
      HuProt TM 20K人類蛋白組芯片基因編輯動物
      電生理相關服務動物整體實驗服務
      膜片鉗實驗
      細胞生物學檢測高通量測序代謝組學
      細胞原代培養mRNA測序氣相色譜GC/MS
      MTT檢測LncRNA測序液相色譜LC/MS
      細胞凋亡檢測全基因組測序核磁共震NMR
      細胞周期檢測RNA-Seq測序
      細胞克隆形成實驗外顯子測序影像學相關實驗
      Transwell細胞遷移/侵襲16s擴增子測序Micro-CT
      流式分選Small RNA測序小動物活體成像
      CCK8/XTT檢測宏基因組測序核磁共振
      臺盼藍檢測細胞活性單細胞測序PET-CT
      藥物篩選細胞學實驗circleRNA測序
      細胞粘附性檢測甲基化測序基因編輯動物
      細胞劃痕實驗條件性敲除小鼠/大鼠
      細胞生物學整體實驗全基因敲除小鼠/大鼠
      細胞成管實驗
      病理檢測CRISPR/Cas9細胞敲除/敲入基因芯片
      掃描電鏡基因定點突變細胞系LncRNA芯片
      透射電鏡單基因敲除細胞系miRNA芯片
      HE染色多基因敲除細胞系mRNA芯片
      免疫組化目的基因敲入細胞系甲基化芯片(限人和小鼠來源樣本)
      Tunel(原位末端凋亡法)檢測報告基因敲入細胞系SNP芯片(限人和小鼠來源樣本)
      激光共聚焦miRNA/LncRNA敲除細胞系
      免疫熒光
      Masson染色CRISPR/Cas9動物敲除/敲入科研設計指導&文章評估/潤色
      原位雜交基因敲除大鼠/小鼠科研文獻論著翻譯
      熒光原位雜交基因敲入大鼠/小鼠論文翻譯潤色服務
      特殊染色(PSA、茜素紅、阿爾新藍等)臨床實驗/科研實驗設計方案指導
      行為學檢測藥物篩選服務項目藥效學評價
      曠場實驗高通量自動藥物篩選平臺抗腫瘤藥物藥效學評價
      重復性刻板行為檢測細胞高內涵藥物篩選平臺心血管系統藥物藥效學評價
      動物跑臺檢測蛋白質組學靶標研發平臺泌尿系統藥物藥效學評價
      強迫游泳分子藥理研究平臺內分泌系統藥物藥效學評價
      生物膜片鉗藥物篩選平臺抗炎免疫藥物藥效學評價
      常規藥物體外篩選


      【本平臺合作項目】
      分子生物學、細胞生物學、基因敲出/入、模式動物、SPF動物保種、病理學檢測、免疫學檢測、影像學檢測、原代培養、細胞藥篩、CRISPR/Cas9基因編輯、基因芯片、高通量測序、蛋白組學、代謝組學、高通量高內涵篩選、藥效學評價、藥理毒理學實驗、慢病毒包裝與穩轉株建立、SiRNA與納米載藥、ChIP、CO-IP、生物信息學分析、知識產權服務! 
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